Suomenlinna-museon perusnäyttely esittelee linnoituksen yli 260-vuotisen historian vaiheita. Museossa on lisäksi aina esillä vaihtuva Suomenlinna-aiheinen näyttely. Museokaupan valikoimiin kuuluu muun muassa Suomenlinna-aiheista kirjallisuutta, julisteita, tinasotilaita ja matkamuistoja.